考助理医师必须在医院工作

不是的。只要是合法的有医疗资格证明的卫生机构都可以报名，要有组织机构代码。助理医师与执业医师一起报名，请查看报名公告：

具有高等学校医学专科学历或者中等专业学校医学专业学历，在执业医师指导下，在医疗、预防、保健机构中试用期满一年的，可以参加执业助理医师资格考试。也就是说你必须毕业经过一年之后才能报名，至于目前在哪里工作不重要，只要有单位愿意给你开试用期合格证明。

正规药房开个实习、工作证明，就可以了。