执业药师注册证没归还

不会没收，执业药师资格证后是终生有效的，药店注销后，将资格证重新注册到工作的药店即可。不会失效，取得执业药师资格证后是终生有效的。执业药师注册有效期满（有效期五年），持证者须在有效期满前一个月到执业药师注册机构申请办理再次注册手续。申请再次注册的执业药师必须有参加执业药师继续教育的记录。取得《执业药师职业资格证书》者，应当通过全国执业药师注册管理信息系统向所在地注册管理机构申请注册。经注册后，方可从事相应的执业活动。执业药师申请注册者，必须同时具备下列条件：（一）取得《执业药师职业资格证书》。（二）遵纪守法，遵守执业药师职业道德，无不良信息记录。（三）身体健康，能坚持在执业药师岗位工作。（四）经所在单位考核同意。

3年一注册

可以要求公司返还证件并赔偿因不归还证件给你造成的损失。

找劳工局，不过你现在是法人比较麻烦。。。